2001年，组建青海大学农牧学院生物科学系。2004年，生物科学系成为青海大学直属系。2012年5月，在原青海大学生物科学系基础上成立青海大学生态环境工程学院。学院顺应国家生态文明建设战略和青海省生态立省战略、国家新兴战略性产业——生物医药产业和青藏高原特色生物资源保护利用产业发展的需求，先后设立生物技术、环境科学、生物工程、环境生态工程和生态学5个专业以及生态学一级学科和资源生物学交叉学科2个硕士学位授权点。全院63名教职工中，教授13名，副教授24名，博士生导师7名、硕士生导师21名，博士学位教师总人数为36名，博士比例达到57%。是青海大学教学院系中教师学历层次最高的学院之一。
拥有省级生物学重点学科、省级生物科学实验教学示范中心、省级分子生物学与生物化学重点实验室以及中美犹他绿色联盟—新能源示范中心、高原水生生物和生态研究所和青海大学生物产业技术发展研究所。自2002年以来，先后由清华大学、西北农林科技大学开展对学院的对口支援工作，在学科建设、师资培养、学生培养、实验室建设和科研合作等方面给予了大力支持。
近年来，学院1400人左右的在校本科生中内地生源和本地生源比为4:6。我院本科生的英语四、六级通过率和考研率一直名列全校前茅，20%以上的本科生进入中国科学院相关研究所、清华大学、南京大学、厦门大学、中国地质大学、湖南大学、兰州大学、贵州大学、西北农林科技大学等国内重点大学继续深造。在校本科生参加省级以上竞赛的比例达20%以上；每年获得国家奖学金、二炮奖学金、优秀学生奖学金等各类别奖学金的学生占学生总数的20%以上。本科生的毕业论文全部来自于教师的科研课题。学院积极整合校内外教育教学资源，积极创新本科人才培养模式，先后组建“高原生物学菁英班”和“三江源国家公园专业技术人才培养班”，与科研院所和国家公园管理部门联合培养生态保护本科专业人才。
学院拥有省级生物学重点学科、省级生物科学实验教学示范中心、省级分子生物学与生物化学重点实验室以及中美犹他绿色联盟—新能源示范中心、高原水生生物和生态研究所和青海大学生物产业技术发展研究所。近年来，学院积极组织力量，先后承担了省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室、三江源生态一流学科建设、生态学一级学科博士点硕士点和生态学本科专业等的申报工作，为国家重点实验室和三江源生态一流学科的获批贡献了力量。在校党委的领导下，在清华大学、西北农林科技大学的对口帮扶下，学科建设取得了长足的进步。学院围绕着生态学一流学科建设这一核心任务，2017年申报获批生态学一级学科硕士点，生态学本科专业于2018年开始招生。学院拥有国家级精品视频公开课、省级精品课程、校级精品课程各1门；一流课程
